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Catégorie : Nettoyer son scratch

Publication : 9 mars 2020

Affichages : 844

Le répertoire /scratch est disponible sur le cluster pour y stocker DURANT un CALCUL les données accessibles en lecture/écriture nécessaires à son exécution. Il faut IMPERATIVEMENT prévoir de nettoyer ce répertoire en intégrant les commandes adequat au script de lancement du calcul.

Il arrive néanmoins que des calculs n'aboutissent pas et se terminent sur une erreur. Dans ce cas, les données présentes sous votre /scratch restent. Il faut alors les supprimer mais les droits associés à votre compte de connexion au cluster ne vous permettent pas de le faire directement (avec un rm classique). Le plus simple est de soumettre une tâche de nettoyage à slurm à l'aide d'un script qui ressemblera à celui-ci:

#!/bin/bash
#SBATCH -J RM
##SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH -n 1
#SBATCH --partition=amd

#ATTENTION: ne pas oublier l'étoile dans la ligne ci-dessous au risque de supprimer votre répertoire de scratch
rm -fr /scratch/<votre login de connexion au cluster>/*